Algorithms for feature exploration and modeling of quadruplex structures
[ 1 ] Instytut Informatyki, Wydział Informatyki i Telekomunikacji, Politechnika Poznańska | [ P ] employee
[ 1 ] Instytut Informatyki, Wydział Informatyki i Telekomunikacji, Politechnika Poznańska | [ P ] employee
PL Algorytmy do eksploracji cech i modelowania struktur kwadrupleksów
english
- bioinformatics
- quadruplex
- nucleic acids
- polyads
- bioinformatyka
- kwadrupleksy
- kwasy nukleinowe
- poliady
EN ONQUADRO is a repository dedicated to quadruplexes. It retrieves data from the Protein Data Bank, and through further analysis and processing, it enables the exploration of their structures, including sequences, secondary and tertiary structures, tetrads, G4, and G4 helices. The database is complemented by WebTetrado, an application for analyzing structures obtained in silico. Another result is the DrawTetrado tool, which creates layered diagrams in 2.5D graphics. Next are two proprietary algorithms for flexible structure alignment, GEOS and GENS. They allow for both sequence-dependent and independent alignments, with adjustable RMSD cutoff. The algorithms have been validated through comparative tests with available methods for 3D structure alignment. The LinkTetrado algorithm is the first automatic method in the world for detecting multimeric motifs, such as pentads, hexads, heptads, etc. During data analysis and validation, I collaborated with IBCH PAS and the Slovenian NMR Center.
PL ONQUADRO to repozytorium dedykowane kwadrupleksom. Pozyskuje ono dane z Protein Data Bank, a dzięki dalszej analizie i przetwarzaniu umożliwia eksplorację ich struktur, w tym sekwencji oraz struktur drugo- i trzeciorzędowych, tetrad, G4 oraz helis G4. Uzupełnieniem bazy jest WebTetrado, aplikacja do analizy struktur otrzymanych in silico. Kolejny rezultat to narzędzie DrawTetrado, które tworzy diagramy warstwowe w grafice 2.5D. Opracowałem dwa autorskie algorytmy do elastycznego dopasowania struktur, GEOS i GENS. Umożliwiają na dopasowania zależnie, jak i niezależnie od sekwencji, z możliwością dostosowania odcięcia RMSD. Algorytmy zostały zweryfikowane przez testy porównawcze z dostępnymi metodami dopasowaniu struktur 3D. Algorytm LinkTetrado jest to pierwsza w świecie automatyczna metoda do detekcji motywów multimerycznych, pentady, heksady, heptady, itd. Podczas analizy i weryfikacji danych współpracowałem z ICHB PAN oraz Słoweńskiego Centrum NMR.
120
information and communication technology
DrOIN 2419
public
Witold Dyrka
Wrocław, Polska
09.12.2024
polish
public
Anna Kurzyńska-Kokorniak
20.12.2024
polish
public
Robert Nowak
Warszawa, Polska
25.11.2024
polish
public
dissertation
Poznań, Polska
13.02.2025
Rada Dyscypliny Informatyka Techniczna i Telekomunikacja Politechniki Poznańskiej
doktor nauk inżynieryjno-technicznych w dyscyplinie: informatyka techniczna i telekomunikacja