Depending on the amount of data to process, file generation may take longer.

If it takes too long to generate, you can limit the data by, for example, reducing the range of years.

Dissertation

Download BibTeX

Title

Algorithms for feature exploration and modeling of quadruplex structures

Authors

[ 1 ] Instytut Informatyki, Wydział Informatyki i Telekomunikacji, Politechnika Poznańska | [ P ] employee

Promoter

[ 1 ] Instytut Informatyki, Wydział Informatyki i Telekomunikacji, Politechnika Poznańska | [ P ] employee

Reviewers

Title variant

PL Algorytmy do eksploracji cech i modelowania struktur kwadrupleksów

Language

english

Keywords
EN
  • bioinformatics
  • quadruplex
  • nucleic acids
  • polyads
PL
  • bioinformatyka
  • kwadrupleksy
  • kwasy nukleinowe
  • poliady
Abstract

EN ONQUADRO is a repository dedicated to quadruplexes. It retrieves data from the Protein Data Bank, and through further analysis and processing, it enables the exploration of their structures, including sequences, secondary and tertiary structures, tetrads, G4, and G4 helices. The database is complemented by WebTetrado, an application for analyzing structures obtained in silico. Another result is the DrawTetrado tool, which creates layered diagrams in 2.5D graphics. Next are two proprietary algorithms for flexible structure alignment, GEOS and GENS. They allow for both sequence-dependent and independent alignments, with adjustable RMSD cutoff. The algorithms have been validated through comparative tests with available methods for 3D structure alignment. The LinkTetrado algorithm is the first automatic method in the world for detecting multimeric motifs, such as pentads, hexads, heptads, etc. During data analysis and validation, I collaborated with IBCH PAS and the Slovenian NMR Center.

PL ONQUADRO to repozytorium dedykowane kwadrupleksom. Pozyskuje ono dane z Protein Data Bank, a dzięki dalszej analizie i przetwarzaniu umożliwia eksplorację ich struktur, w tym sekwencji oraz struktur drugo- i trzeciorzędowych, tetrad, G4 oraz helis G4. Uzupełnieniem bazy jest WebTetrado, aplikacja do analizy struktur otrzymanych in silico. Kolejny rezultat to narzędzie DrawTetrado, które tworzy diagramy warstwowe w grafice 2.5D. Opracowałem dwa autorskie algorytmy do elastycznego dopasowania struktur, GEOS i GENS. Umożliwiają na dopasowania zależnie, jak i niezależnie od sekwencji, z możliwością dostosowania odcięcia RMSD. Algorytmy zostały zweryfikowane przez testy porównawcze z dostępnymi metodami dopasowaniu struktur 3D. Algorytm LinkTetrado jest to pierwsza w świecie automatyczna metoda do detekcji motywów multimerycznych, pentady, heksady, heptady, itd. Podczas analizy i weryfikacji danych współpracowałem z ICHB PAN oraz Słoweńskiego Centrum NMR.

Number of pages

120

Scientific discipline (Law 2.0)

information and communication technology

Signature of printed version

DrOIN 2419

On-line catalog

to2025500813

Full text of dissertation

Download file

Access level to full text

public

First review

Witold Dyrka

Place

Wrocław, Polska

Date

09.12.2024

Language

polish

Review text

Download file

Access level to review text

public

Second review

Anna Kurzyńska-Kokorniak

Date

20.12.2024

Language

polish

Review text

Download file

Access level to review text

public

Third review

Robert Nowak

Place

Warszawa, Polska

Date

25.11.2024

Language

polish

Review text

Download file

Access level to review text

public

Dissertation status

dissertation

Place of defense

Poznań, Polska

Date of defense

13.02.2025

Unit granting title

Rada Dyscypliny Informatyka Techniczna i Telekomunikacja Politechniki Poznańskiej

Obtained title

doktor nauk inżynieryjno-technicznych w dyscyplinie: informatyka techniczna i telekomunikacja

This website uses cookies to remember the authenticated session of the user. For more information, read about Cookies and Privacy Policy.