Przetwarzanie może potrwać kilka sekund...

Publikacje

  • -
  • Publikacje do 2012
  • Pokaż
  • Sortuj wg
Parametry wyszukiwania: autor = Tomasz Żok, jednostka = wszystkie jednostki organizacyjne, rodzaj = wszystkie rodzaje, dyscyplina = wszystkie dyscypliny, publikacje z lat 2013 - 2021, sortowanie według = daty publikacji od najnowszej

Wyniki wyszukiwania (20)

Legenda:  Punktacja MNiSW CORE Impact Factor Indeksowane w WoS
  • 1.
    ElTetrado: a tool for identification and classification of tetrads and quadruplexes / Tomasz Żok (WIiT), Mariusz Popenda, Marta Szachniuk (WIiT) // BMC Bioinformatics - 2020, vol. 21, s. 40-1-40-7

    Artykuł naukowy 100 3,242
  • 2.
    New models and algorithms for RNA pseudoknot order assignment / Tomasz Żok (WIiT), Jan Badura (WIiT), Sylwester Swat (WIiT), Kacper Figurski, Mariusz Popenda, Maciej Antczak (WIiT) // International Journal of Applied Mathematics and Computer Science - 2020, vol. 30, no. 2, s. 315-324

    Artykuł naukowy 100 0,967
  • 3.
    RNA-Puzzles Round IV: 3D structure predictions of four ribozymes and two aptamers / Zhichao Miao, Ryszard Adamiak (WIiT), Maciej Antczak (WIiT), Michał Boniecki, Janusz M. Bujnicki, Shi-Jie Chen, Clarence Y. Cheng, Yi Cheng, Fang-Chieh Chou, Rhiju Das, Nikolay V. Dokholyan, Feng Ding, Caleb Geniesse, Yangwei Jiang, Astha Joshi, Andrey Krokhotin, Marcin Magnus, Olivier Mailhot, Francois Major, Thomas H. Mann, Paweł Piątkowski, Radosław Pluta, Mariusz Popenda, Joanna Sarzyńska, Lizhen Sun, Marta Szachniuk (WIiT), Sigi Tian, Jian Wang, Andrew M. Watkins, Jakub Wiedemann (WIiT), Xiaojun Xu, Joseph D. Yesselman, Dong Zhang, Zhenzhen Zhang, Chenhan Zhao, Peinan Zhao, Yuanzhe Zhou, Tomasz Żok (WIiT), Adriana Żyła, Aiming Ren, Robert T. Batey, Barbara L. Golden, Lin Huang, David M. Lilley, Yijin Liu, Dinshaw J. Patel, Eric Westhof // RNA - 2020, vol. in press

    Artykuł naukowy 140 4,320
  • 4.
    RNA-Puzzles toolkit: a computational resource of RNA 3D structure benchmark datasets, structure manipulation, and evaluation tools / Marcin Magnus, Maciej Antczak (WIiT), Tomasz Żok (WIiT), Jakub Wiedemann (WIiT), Piotr Łukasiak (WIiT), Cao Yang, Janusz M. Bujnicki, Eric Westhof, Marta Szachniuk (WIiT), Zhichao Miao // Nucleic Acids Research - 2020, vol. 48, iss. 2, s. 576-588

    Artykuł naukowy 200 11,501
  • 5.
    RNAthor - fast, accurate normalization, visualization and statistical analysis of RNA probing data resolved by capillary electrophoresis / Julita Gumna, Tomasz Żok (WIiT), Kacper Figurski, Katarzyna Pachulska-Wieczorek, Marta Szachniuk (WIiT) // PLOS ONE - 2020, vol. 15, iss. 10, s. 0239287-1-0239287-12

    Artykuł naukowy 100 2,740
  • 6.
    Topology-based classification of tetrads and quadruplex structures / Mariusz Popenda, Joanna Miśkiewicz (WIiT), Joanna Sarzyńska, Tomasz Żok (WIiT), Marta Szachniuk (WIiT) // Bioinformatics - 2020, vol. 36, iss. 4, s. 1129-1134

    Artykuł naukowy 200 5,610
  • 7.
    RNAvista: a webserver to assess RNA secondary structures with non-canonical base pairs / Maciej Antczak (WI), Marcin Zabłocki (WI), Tomasz Żok (WI), Agnieszka Rybarczyk, Jacek Błażewicz (WI), Marta Szachniuk // Bioinformatics - 2019, vol. 35, iss. 1, s. 152-155

    Artykuł naukowy 200 5,610
  • 8.
    New algorithms to represent complex pseudoknotted RNA structures in dot-bracket notation / Maciej Antczak (WI), Mariusz Popenda, Tomasz Żok (WI), Michał Żurkowski (WI), Ryszard W. Adamiak (WI), Marta Szachniuk // Bioinformatics - 2018, vol. 34, iss. 8, s. 1304-1312

    Artykuł naukowy 45 4,531
  • 9.
    RNAfitme: a webserver for modeling nucleobase and nucleoside residue conformation in fixed-backbone RNA structures / Maciej Antczak (WI), Tomasz Żok (WI), Maciej Osowiecki, Mariusz Popenda, Ryszard Adamiak (WI), Marta Szachniuk // BMC Bioinformatics - 2018, vol. 19, s. 1-11

    Artykuł naukowy 35 2,511
  • 10.
    RNApdbee 2.0: multifunctional tool for RNA structure annotation / Tomasz Żok, Maciej Antczak (WI), Michał Żurkowski (WI), Mariusz Popenda, Jacek Błażewicz (WI), Ryszard Adamiak (WI), Marta Szachniuk // Nucleic Acids Research - 2018, vol. 46, iss. Web Server, s. W30-W35

    Artykuł naukowy 40 11,147
  • 11.
    LCS-TA to identify similar fragments in RNA 3D structures / Jakub Wiedemann (WI), Tomasz Żok (WI), Maciej Miłostan (WI), Marta Szachniuk (WI) // BMC Bioinformatics - 2017, vol. 18, s. 456-469

    Artykuł naukowy 35 2,213
  • 12.
    RNA-Puzzles Round III: 3D RNA structure prediction of five riboswitches and one ribozyme / Z. Miao, Ryszard Adamiak (WI), Maciej Antczak (WI), Robert Batey, Alexander Becka, Marcin Biesiada, M. Boniecki, Janusz M. Bujnicki, S. J. Chen, C. Cheng, F. C. Chou, A. R. Ferre-D'Amare, R. Das, Wayne Dawson, F. Ding, N. V. Dokholyan, S. Dunin-Horkawicz, C. Geniesse, Kalli Kappel, W. Kladwang, A. Krokhotin, G. Lach, F. Major, T. H. Mann, M. Magnus, Katarzyna Pachulska-Wieczorek, Dinshaw Patel, Joseph Piccirilli, Mariusz Popenda, Katarzyna J. Purzycka, Aiming Ren, Gregorry Rice, John Santalucia, Joanna Sarzyńska, Marta Szachniuk (WI), A. Tandon, Jeremiah Trausch, S. Tian, J. Wang, Kevin Weeks, Benfeard Williams, Y. Xiao, X. Xu, Dong Zhang, Tomasz Żok (WI), E. Westhof // RNA - 2017, vol. 23, no. 5, s. 655-672

    Artykuł naukowy 35 4,490
  • 13.
    Running simultaneous Kepler sessions for the parallelization of parametric scans and optimization studies applied to complex workflows / M. Owsiak, M. Płóciennik, B. Palak, Tomasz Żok, C. Reux, L. Di Gallo, D. Kalupin, T. Johnson, Mireille Schneider // Journal of Computational Science - 2017, vol. 20, s. 103-111

    Artykuł naukowy 30 1,925
  • 14.
    Distributed and cloud-based multi-model analytics experiments on large volumes of climate change data in the Earth System Grid Federation eco-system / S. Fiore, m Płóciennik, c. Doutriaux, c. Palazzo, J. Boutte, Tomasz Żok, D. Elia, M. Owsiak, A. D'Anca, Z. Shaheen, R. Bruno, M. Fargetta, M. Caballer, G. Molto, I. Blanquer, R. Barbera, M. David, G. Donvito, D. N. Williams, V. Anantharaj, D. Salomoni, G. Aloisio // W: Proceedings of 2016 IEEE International Conference on Big Data (Big Data) - Danvers, USA : IEEE, 2016 - s. 2911-2918

    Referat 15
  • 15.
    New functionality of RNAComposer: an application to shape the axis of miR160 precursor structure / Maciej Antczak (WI), Mariusz Popenda, Tomasz Żok (WI), Joanna Sarzyńska, Tomasz Ratajczak (WI), Katarzyna Tomczyk (WI), Ryszard W. Adamiak, Marta Szachniuk (WI) // Acta Biochimica Polonica - 2016, vol. 63, no. 4, s. 737-744

    Artykuł naukowy 15 1,159
  • 16.
    Building the Library of RNA 3D Nucleotide Conformations Using the Clustering Approach / Tomasz Żok (WI), Maciej Antczak (WI), Martin Riedel, David Nebel, Thomas Villmannn, Piotr Łukasiak, Jacek Błażewicz, Marta Szachniuk // International Journal of Applied Mathematics and Computer Science - 2015, vol. 25, no. 3, s. 689-700

    Artykuł naukowy 25 1,037
  • 17.
    New in silico approach to assessing RNA secondary structures with non-canonical base pairs / Agnieszka Rybarczyk, Natalia Szóstak, Maciej Antczak (WI), Tomasz Żok (WI), Mariusz Popenda, Ryszard Adamiak, Jacek Błażewicz (WI), Marta Szachniuk // BMC Bioinformatics - 2015, vol. 16, s. 276-1-276-12

    Artykuł naukowy 35 2,435
  • 18.
    RNA-Puzzles Round II: assessment of RNA structure prediction programs applied to three large RNA structures / Z. Miao, R. W. Adamiak, M F. Blanchet, M. Boniecki, J. M. Bujnicki, S. J. Chen, C. Cheng, G. Chojnowski, F. C. Chou, P. Cordero, J. A. Cruz, A. R. Ferre-D'Amare, F. Ding, R. Das, N. V. Dokholyan, S. Dunin-Horkawicz, W. Kladwang, A. Krokhotin, G. Lach, M. Magnus, F. Major, T. H. Mann, B. Masquida, D. Matelska, M. Meyer, A. Peselis, M. Popenda, K. J. Purzycka, A. Serganov, J. Stasiewicz, Marta Szachniuk (WI), A. Tandon, S. Tian, J. Wang, Y. Xiao, X. Xu, J. Zhang, P. Zhao, Tomasz Żok (WI), E. Westhof // RNA - 2015, vol. 21, no. 6, s. 1066-1084

    Artykuł naukowy 35
  • 19.
    MCQ4Structures to compute similarity of molecule structures / Tomasz Żok (WI), Mariusz Popenda, Marta Szachniuk (WI) // Central European Journal of Operations Research - 2014, vol. 22, iss. 3, s. 457-473

    Artykuł naukowy 20 0,832
  • 20.
    RNApdbee - a webserver to derive secondary structures from pdb files of knotted and unknotted RNAs / Maciej Antczak (WI), Tomasz Żok (WI), Mariusz Popenda, Piotr Łukasiak (WI), Ryszard W. Adamiak (WI), Jacek Błażewicz (WI), Marta Szachniuk // Nucleic Acids Research - 2014, vol. 42, iss. W1, s. W368-W372

    Artykuł naukowy 40 9,112