Przetwarzanie może potrwać kilka sekund...

Rozprawa doktorska

Tytuł

Grafy etykietowalne i sieci Petriego w analizie procesów biochemicznych i biologicznych

Autorzy

Promotor

[ 1 ] Instytut Informatyki, Wydział Informatyki, Politechnika Poznańska | [ P ] pracownik

Recenzenci

Wariant tytułu

EN Labeled graphs and Petri nets in an analysis of biochemical and biological processes

Język

polski

Słowa kluczowe
PL
  • grafy etykietowalne
  • grafy de Bruijna
  • sieci Petriego
EN
  • labeled graphs
  • de Bruijn graphs
  • Petri nets
Streszczenie

PL W rozprawie poruszanie są dwa obszary badawcze związane z teorią grafów. Pierwszy obszar dotyczy własności matematycznych zdefiniowanych przez autora klas grafów bazowo-etykietowalnych, grafów leksykalnych (uogólnione klasy grafów etykietowalnych i grafów de Bruijna) oraz sekwencji leksykalnych (uogólnione sekwencje de Bruijna) wraz z przykładem zastosowania w algorytmie budowy bibliotek oligonukleotydów. Zostały zbadane relacje zdefiniowanych klas grafów ze znanymi klasami, sformułowano i udowodniono wiele twierdzeń dotyczących ich własności. Drugi obszar badawczy dotyczy wykorzystania sieci Petriego do modelowania i analizy wybranych procesów biologicznych i biochemicznych. Przeprowadzono analizę strukturalną modelu regulacji homeostazy żelaza opartej na osi regulacyjnej hepcydyna-hemojuwelina oraz analizę strukturalną i porównawczą modelu stresu oksydacyjnego w procesie powstawania i rozwoju miażdżycy. Analiza porównawcza dotyczy wpływu częściowych informacji ilościowych na wyniki analizy strukturalnej. Dla wykonanych analiz przedstawiono wnioski biologiczne.

EN This work is focused on two research areas related to graph theory. The first one concerns definitions and mathematical properties of base-labeled and lexical graphs (generalized labeled and de Bruijn graphs), lexical sequences (generalized de Bruijn sequences) and their exemplary application in the algorithm of constructing oligonucleotide library. Relationships of defined classes of graphs with known classes were analyzed and many theorems were formulated and proved. The second area concerns application of Petri nets for modeling and analysis of chosen biological and biochemical processes. A structural analysis of a model of iron homeostasis based on hepcidin-hemojuvelin axis was presented. For the second model, i.e. the one of oxidative stress in atherosclerosis, the structural analysis was extended with a study of influence of incomplete quantitative data on the results of such an analysis. For both models biological conclusions of the analysis were presented.

Liczba stron

198

Dziedzina wg OECD

nauki o komputerach i informatyka

Dyscyplina wg KBN

informatyka

Sygnatura rozprawy w wersji drukowanej

DrOIN 1630

Katalog on-line

to201580731

Pełny tekst rozprawy doktorskiej

Pobierz plik

Poziom dostępu do pełnego tekstu

publiczny

Pierwsza recenzja

Andrzej Świerniak

Miejsce

Gliwice, Polska

Data

15.09.2014

Język

polski

Tekst recenzji

Pobierz plik

Poziom dostępu do recenzji

publiczny

Druga recenzja

Anna Gambin

Miejsce

Warszawa, Polska

Data

07.09.2014

Język

polski

Tekst recenzji

Pobierz plik

Poziom dostępu do recenzji

publiczny

Status rozprawy

rozprawa doktorska

Miejsce obrony

Poznań, Polska

Data obrony

05.12.2014

Jednostka nadająca tytuł

Rada Wydziału Informatyki Politechniki Poznańskiej

Uzyskany tytuł

doktor nauk technicznych w dyscyplinie: informatyka, w specjalności: bioinformatyka