Processing may take a few seconds...

Dissertation

Title

Grafy etykietowalne i sieci Petriego w analizie procesów biochemicznych i biologicznych

Authors

[ 1 ] Instytut Informatyki, Wydział Informatyki, Politechnika Poznańska | [ D ] phd student

Promoter

[ 1 ] Instytut Informatyki, Wydział Informatyki, Politechnika Poznańska | [ P ] employee

Reviewers

Title variant

EN Labeled graphs and Petri nets in an analysis of biochemical and biological processes

Language

polish

Keywords
PL
  • grafy etykietowalne
  • grafy de Bruijna
  • sieci Petriego
EN
  • labeled graphs
  • de Bruijn graphs
  • Petri nets
Abstract

PL W rozprawie poruszanie są dwa obszary badawcze związane z teorią grafów. Pierwszy obszar dotyczy własności matematycznych zdefiniowanych przez autora klas grafów bazowo-etykietowalnych, grafów leksykalnych (uogólnione klasy grafów etykietowalnych i grafów de Bruijna) oraz sekwencji leksykalnych (uogólnione sekwencje de Bruijna) wraz z przykładem zastosowania w algorytmie budowy bibliotek oligonukleotydów. Zostały zbadane relacje zdefiniowanych klas grafów ze znanymi klasami, sformułowano i udowodniono wiele twierdzeń dotyczących ich własności. Drugi obszar badawczy dotyczy wykorzystania sieci Petriego do modelowania i analizy wybranych procesów biologicznych i biochemicznych. Przeprowadzono analizę strukturalną modelu regulacji homeostazy żelaza opartej na osi regulacyjnej hepcydyna-hemojuwelina oraz analizę strukturalną i porównawczą modelu stresu oksydacyjnego w procesie powstawania i rozwoju miażdżycy. Analiza porównawcza dotyczy wpływu częściowych informacji ilościowych na wyniki analizy strukturalnej. Dla wykonanych analiz przedstawiono wnioski biologiczne.

EN This work is focused on two research areas related to graph theory. The first one concerns definitions and mathematical properties of base-labeled and lexical graphs (generalized labeled and de Bruijn graphs), lexical sequences (generalized de Bruijn sequences) and their exemplary application in the algorithm of constructing oligonucleotide library. Relationships of defined classes of graphs with known classes were analyzed and many theorems were formulated and proved. The second area concerns application of Petri nets for modeling and analysis of chosen biological and biochemical processes. A structural analysis of a model of iron homeostasis based on hepcidin-hemojuvelin axis was presented. For the second model, i.e. the one of oxidative stress in atherosclerosis, the structural analysis was extended with a study of influence of incomplete quantitative data on the results of such an analysis. For both models biological conclusions of the analysis were presented.

Number of pages

198

OECD domain

computer sciences and computer science

KBN discipline

computer science

Signature of printed version

DrOIN 1630

On-line catalog

to201580731

Full text of dissertation

Download file

Access level to full text

public

First review

Andrzej Świerniak

Place

Gliwice, Polska

Date

15.09.2014

Language

polish

Review text

Download file

Access level to review text

public

Second review

Anna Gambin

Place

Warszawa, Polska

Date

07.09.2014

Language

polish

Review text

Download file

Access level to review text

public

Dissertation status

dissertation

Place of defense

Poznań, Polska

Date of defense

05.12.2014

Unit granting title

Rada Wydziału Informatyki Politechniki Poznańskiej

Obtained title

doktor nauk technicznych w dyscyplinie: informatyka, w specjalności: bioinformatyka