Processing may take a few seconds...

Dissertation

Title

Combinatorial Analysis of RNA Tertiary Structures with the Use of Angular Representations

Authors

[ 1 ] Instytut Informatyki, Wydział Informatyki i Telekomunikacji, Politechnika Poznańska | [ D ] phd student

Promoter

[ 1 ] Instytut Informatyki, Wydział Informatyki i Telekomunikacji, Politechnika Poznańska | [ P ] employee

Supporting promoter

[ 1 ] Instytut Informatyki, Wydział Informatyki i Telekomunikacji, Politechnika Poznańska | [ P ] employee

Reviewers

Title variant

PL Kombinatoryczna analiza struktur przestrzennych RNA z wykorzystaniem reprezentacji kątowych

Language

english

Keywords
EN
  • bioinformatics
  • angular representation
  • RNA 3D structur
PL
  • bioinformatyka
  • reprezentacje kątowe
  • struktura przestrzenna RNA
Abstract

EN This dissertation summarizes the author's research in bioinformatics, a scientific field in which biology and computing science interlace each other. It describes selected issues in RNA structural biology and their solutions based on combinatorial optimization methodology. The strong relationship between the structure and function of an RNA molecule is one of the paradigms underlying structural bioinformatics. It drives research on structure prediction, structural comparison, or quality assessment, leading to the exploration of molecule functions, drug design, and disease diagnosis. Many structural studies rely on atomic coordinates that form an algebraic representation of the molecular structure. Here, we focus mainly on an angular representation that illustrates chain folding and allows for significant optimization of the computational complexity of algorithms for structural data processing.

PL Niniejsza praca doktorska poświęcona jest badaniom nad strukturą cząsteczek RNA i tworzeniu metod, głównie kombinatorycznych, pozwalających ją analizować. W badaniach skoncentrowano się na analizie charakterystyk kątowych struktur przestrzennych (3D) RNA w kontekście porównywania struktur realizowanego w ramach ewaluacji modeli uzyskiwanych z wykorzystaniem metod obliczeniowych, a także identyfikacji specyficznych motywów strukturalnych zwanych pętlami wieloramiennymi. Prezentowane w pracy badania rozpoczęły się od analizy związku pomiędzy sekwencją cząsteczki RNA, a jej strukturą trzeciorzędową. Uzyskane wyniki wykazały, że stosunkowo wysokie podobieństwo sekwencyjne nie zawsze gwarantuje zachowanie kształtu przestrzennego cząsteczek. Uzyskane wyniki zainspirowały dalsze badania nad strukturą przestrzenną RNA. Mnogość struktur oraz złożoność procesu porównywania wielu struktur skierowały nas w kierunku wykorzystania reprezentacji kątowej.

Number of pages

107

OECD domain

engineering and technical sciences

Scientific discipline (Law 2.0)

information and communication technology

Full text of dissertation

Download file

Access level to full text

public

First review

Witold Dyrka

Place

Wrocław, Polska

Date

06.12.2022

Language

polish

Review text

Download file

Access level to review text

public

Second review

Barbara Uszczyńska-Ratajczak

Place

Poznań, Polska

Date

06.12.2022

Language

polish

Review text

Download file

Access level to review text

public

Dissertation status

dissertation

Place of defense

Poznań, Polska

Date of defense

09.01.2023

Unit granting title

Rada Dyscypliny Informatyka Techniczna i Telekomunikacja Politechniki Poznańskiej

Obtained title

doktor nauk inżynieryjnoi-technicznych w dyscyplinie: informatyka techniczna i telekomunikacja

This website uses cookies to remember the authenticated session of the user. For more information, read about Cookies and Privacy Policy.