Combinatorial Analysis of RNA Tertiary Structures with the Use of Angular Representations
[ 1 ] Instytut Informatyki, Wydział Informatyki i Telekomunikacji, Politechnika Poznańska | [ D ] phd student
[ 1 ] Instytut Informatyki, Wydział Informatyki i Telekomunikacji, Politechnika Poznańska | [ P ] employee
[ 1 ] Instytut Informatyki, Wydział Informatyki i Telekomunikacji, Politechnika Poznańska | [ P ] employee
PL Kombinatoryczna analiza struktur przestrzennych RNA z wykorzystaniem reprezentacji kątowych
english
- bioinformatics
- angular representation
- RNA 3D structur
- bioinformatyka
- reprezentacje kątowe
- struktura przestrzenna RNA
EN This dissertation summarizes the author's research in bioinformatics, a scientific field in which biology and computing science interlace each other. It describes selected issues in RNA structural biology and their solutions based on combinatorial optimization methodology. The strong relationship between the structure and function of an RNA molecule is one of the paradigms underlying structural bioinformatics. It drives research on structure prediction, structural comparison, or quality assessment, leading to the exploration of molecule functions, drug design, and disease diagnosis. Many structural studies rely on atomic coordinates that form an algebraic representation of the molecular structure. Here, we focus mainly on an angular representation that illustrates chain folding and allows for significant optimization of the computational complexity of algorithms for structural data processing.
PL Niniejsza praca doktorska poświęcona jest badaniom nad strukturą cząsteczek RNA i tworzeniu metod, głównie kombinatorycznych, pozwalających ją analizować. W badaniach skoncentrowano się na analizie charakterystyk kątowych struktur przestrzennych (3D) RNA w kontekście porównywania struktur realizowanego w ramach ewaluacji modeli uzyskiwanych z wykorzystaniem metod obliczeniowych, a także identyfikacji specyficznych motywów strukturalnych zwanych pętlami wieloramiennymi. Prezentowane w pracy badania rozpoczęły się od analizy związku pomiędzy sekwencją cząsteczki RNA, a jej strukturą trzeciorzędową. Uzyskane wyniki wykazały, że stosunkowo wysokie podobieństwo sekwencyjne nie zawsze gwarantuje zachowanie kształtu przestrzennego cząsteczek. Uzyskane wyniki zainspirowały dalsze badania nad strukturą przestrzenną RNA. Mnogość struktur oraz złożoność procesu porównywania wielu struktur skierowały nas w kierunku wykorzystania reprezentacji kątowej.
116
engineering and technical sciences
information and communication technology
DrOIN 2269
public
Witold Dyrka
Wrocław, Polska
06.12.2022
polish
public
Barbara Uszczyńska-Ratajczak
Poznań, Polska
06.12.2022
polish
public
dissertation
Poznań, Polska
09.01.2023
Rada Dyscypliny Informatyka Techniczna i Telekomunikacja Politechniki Poznańskiej
doktor nauk inżynieryjnoi-technicznych w dyscyplinie: informatyka techniczna i telekomunikacja