Processing may take a few seconds...

Dissertation

Title

Modele grafowe i algorytmy dla klasycznego problemu sekwencjonowania DNA przez hybrydyzacje oraz dla jego odmiany z informacja o powtórzeniach

Authors

[ 1 ] Wydział Informatyki, Politechnika Poznańska | [ D ] phd student

Promoter

[ 1 ] Instytut Informatyki, Wydział Informatyki, Politechnika Poznańska | [ P ] employee

Reviewers

[ 1 ] Instytut Informatyki, Wydział Informatyki, Politechnika Poznańska | [ P ] employee

Title variant

EN Graph models and algorithms for classical DNA sequencing by hybridization and for the variant of the problem with information about repetitions

Language

polish

Keywords
PL
  • sekwencjonowanie przez hybrydyzację
  • orienteering
  • algorytm aproksymacyjny
  • przeszukiwanie tabu
  • algorytm kolonii mrówek
EN
  • sequencing by hybridization
  • orienteering
  • approximation algorithm
  • tabu search
  • ant colony optimization
Abstract

PL Jednym z podstawowych problemów dotyczących sekwencjonowania DNA przez hybrydyzację (SBH) są błędy pojawiające się w trakcie eksperymentu biochemicznego. Są one powodowane m.in. przez powtórzenia oligonukleotydów wchodzących w skład analizowanej sekwencji. Obecnie nie ma technologicznych możliwości ustalenia dokładnej liczby powtórzeń poszczególnych oligonukleotydów, dlatego rozważane są modele częściowej informacji o powtórzeniach. Przedstawiono dla nich następujące algorytmy: zachłanny, przeszukiwania tabu oraz dwa algorytmy kolonii mrówek. Wyniki eksperymentów wykazały, że zastosowanie nawet częściowej informacji o powtórzeniach prowadzi do lepszej rekonstrukcji sekwencji. W pracy zaproponowano również algorytm aproksymacyjny dla klasycznego problemu SBH, który odpowiada grafowemu problemowi Orienteering. Wykazano, że dla problemu Orienteering w grafie skierowanym istnieje algorytm aproksymacyjny o stałym współczynniku aproksymacji, o ile iloraz największego do najmniejszego kosztu łuku w danym grafie jest ograniczony pewną stałą.

EN Errors occurring during the biochemical experiment are one of the most important issues related to DNA sequencing by hybridization (SBH). They are caused, for example, by repetitions in an analyzed sequence. The current technology does not enable to determine the exact number of repetitions for oligonucleotides the sequence consist of. Thus, models assuming a partial information about repetition are taken into account. They have been used to propose the following algorithms: greedy, tabu search and two ant colony optimization algorithms. The obtained results confirmed that even partial information about repetitions improves sequence reconstruction. The classical SBH problem corresponds to a graph problem called Orienteering. An approximation algorithm for Orienteering in directed graph has been proposed too. It has been shown that if the ratio between the maximum and the minimum arc cost in an input graph is bounded by a constant factor then the proposed algorithm has a constant factor performance guarantee.

Number of pages

110

OECD domain

computer sciences and computer science

KBN discipline

computer science

Signature of printed version

DrOIN 1573

On-line catalog

to201480556

Full text of dissertation

Download file

Access level to full text

public

First review

Sebastian Deorowicz

Place

Gliwice, Polska

Date

04.07.2013

Language

polish

Review text

Download file

Access level to review text

public

Second review

Marta Kasprzak

Place

Poznań, Polska

Date

24.06.2013

Language

polish

Review text

Download file

Access level to review text

public

Third review

Wojciech T. Markiewicz

Place

Poznań, Polska

Date

24.06.2013

Language

polish

Review text

Download file

Access level to review text

public

Dissertation status

dissertation

Place of defense

Poznań, Polska

Date of defense

07.02.2014

Unit granting title

Rada Wydziału Informatyki Politechniki Poznańskiej

Obtained title

doktor nauk technicznych w dyscyplinie: informatyka, w specjalności: bioinformatyka

This website uses cookies to remember the authenticated session of the user. For more information, read about Cookies and Privacy Policy.