W zależności od ilości danych do przetworzenia generowanie pliku może się wydłużyć.

Jeśli generowanie trwa zbyt długo można ograniczyć dane np. zmniejszając zakres lat.

Artykuł

Pobierz BibTeX

Tytuł

Differences in the intraspecies copy number variation of Arabidopsis thaliana conserved and nonconserved miRNA genes

Autorzy

[ 1 ] Instytut Informatyki, Wydział Informatyki i Telekomunikacji, Politechnika Poznańska | [ P ] pracownik

Dyscyplina naukowa (Ustawa 2.0)

[2.3] Informatyka techniczna i telekomunikacja
[7.5] Nauki biologiczne

Rok publikacji

2023

Opublikowano w

Functional and Integrative Genomics

Rocznik: 2023 | Tom: vol. 23 | Numer: iss. 2

Typ artykułu

artykuł naukowy

Język publikacji

angielski

Słowa kluczowe
EN
  • MicroRNA
  • miRNA
  • Copy number variation
  • Expression
  • Transposons
  • ATHILA
Streszczenie

EN MicroRNAs (miRNAs) regulate gene expression by RNA interference mechanism. In plants, miRNA genes (MIRs) which are grouped into conserved families, i.e. they are present among the different plant taxa, are involved in the regulation of many developmental and physiological processes. The roles of the nonconserved MIRs—which are MIRs restricted to one plant family, genus, or even species—are less recognized; however, many of them participate in the responses to biotic and abiotic stresses. Both over- and underproduction of miRNAs may influence various biological processes. Consequently, maintaining intracellular miRNA homeostasis seems to be crucial for the organism. Deletions and duplications in the genomic sequence may alter gene dosage and/or activity. We evaluated the extent of copy number variations (CNVs) among Arabidopsis thaliana (Arabidopsis) MIRs in over 1000 natural accessions, using population-based analysis of the short-read sequencing data. We showed that the conserved MIRs were unlikely to display CNVs and their deletions were extremely rare, whereas nonconserved MIRs presented moderate variation. Transposon-derived MIRs displayed exceptionally high diversity. Conversely, MIRs involved in the epigenetic control of transposons reactivated during development were mostly invariable. MIR overlap with the protein-coding genes also limited their variability. At the expression level, a higher rate of nonvariable, nonconserved miRNAs was detectable in Col-0 leaves, inflorescence, and siliques compared to nonconserved variable miRNAs, although the expression of both groups was much lower than that of the conserved MIRs. Our data indicate that CNV rate of Arabidopsis MIRs is related with their age, function, and genomic localization.

Data udostępnienia online

10.04.2023

Strony (od-do)

120-1 - 120-16

DOI

10.1007/s10142-023-01043-x

URL

https://link.springer.com/article/10.1007/s10142-023-01043-x

Uwagi

Article Number: 120

Typ licencji

CC BY (uznanie autorstwa)

Tryb otwartego dostępu

czasopismo hybrydowe

Wersja tekstu w otwartym dostępie

ostateczna wersja opublikowana

Czas udostępnienia publikacji w sposób otwarty

w momencie opublikowania

Punktacja Ministerstwa / czasopismo

100

Impact Factor

3,9

Ta strona używa plików Cookies, w celu zapamiętania uwierzytelnionej sesji użytkownika. Aby dowiedzieć się więcej przeczytaj o plikach Cookies i Polityce Prywatności.