SIS PUT | dr hab. inż. Tomasz Żok

1.

Knotted artifacts in predicted 3D RNA structures / Bartosz Ambroży Greń, Maciej Antczak (WIiT), Tomasz Żok (WIiT), Joanna Ida Sułkowska, Marta Szachniuk (WIiT) // PLoS Computational Biology - 2024, vol. 20, iss. 6, p. e1011959-1-e1011959-16

Scientific article 140 3,8
2.

WebTetrado: a webserver to explore quadruplexes in nucleic acid 3D structures / Bartosz Adamczyk (WIiT), Michał Żurkowski (WIiT), Marta Szachniuk (WIiT), Tomasz Żok (WIiT) // Nucleic Acids Research - 2023, vol. 51, iss. W1, p. W607-W612

Scientific article 200 16,6
3.

New prediction categories in CASP15 / Andriy Kryshtafovych, Maciej Antczak (WIiT), Marta Szachniuk (WIiT), Tomasz Żok (WIiT), Rachael C. Kretsch, Ramya Rangan, Phillip Pham, Rhiju Das, Xavier Robin, Gabriel Studer, Janani Durairaj, Jerome Eberhardt, Aaron Sweeney, Maya Topf, Torsten Schwede, Krzysztof Fidelis, John Moult // Proteins: Structure, Function and Bioinformatics - 2023, vol. 91, iss. 12, p. 1550-1557

Scientific article 100 3,2
4.

When will RNA get its AlphaFold moment? / Bohdan Schneider, Blake Alexander Sweeney, Alex Bateman, Jiri Cerny, Tomasz Żok (WIiT), Marta Szachniuk (WIiT) // Nucleic Acids Research - 2023, vol. 51, iss. 18, p. 9522-9532

Scientific article 200 16,6
5.

Computational Pipeline for Reference-Free Comparative Analysis of RNA 3D Structures Applied to SARS-CoV-2 UTR Models / Julita Gumna, Maciej Antczak (WIiT), Ryszard W. Adamiak (WIiT), Janusz M. Bujnicki, Shi-Jie Chen, Feng Ding, Pritha Ghosh, Jun Li, Sunandan Mukherjee, Chandran Nithin, Katarzyna Pachulska-Wieczorek, Almudena Ponce-Salvatierra, Mariusz Popenda, Joanna Sarzyńska, Tomasz Wirecki, Dong Zhang, Sicheng Zhang, Tomasz Żok (WIiT), Eric Westhof, Zhichao Miao, Marta Szachniuk (WIiT), Agnieszka Rybarczyk (WIiT) // International Journal of Molecular Sciences - 2022, vol. 23, iss. 17, p. 9630-1-9630-20

Scientific article 140 5,6

All ARTICLES

1.

Distributed and cloud-based multi-model analytics experiments on large volumes of climate change data in the Earth System Grid Federation eco-system / Sandro Fiore, Marcin Płóciennik, Charles Doutriaux, Cosimo Palazzo, Jason Boutte, Tomasz Żok, Donatello Elia, Michał Owsiak, Alessandro D'anca, Zeshawn Shaheen, Riccardo Bruno, Marco Fargetta, Miguel Caballer, Germán Moltó, Ignacio Blanquer, Roberto Barbera, Mario David, Giacinto Donvito, Dean N. Williams, Valentine Anantharaj, Davide Salomoni, Giovanni Aloisio // W: Proceedings of 2016 IEEE International Conference on Big Data (Big Data) / red. James Joshi, George Karypis, Ling Liu, Xiaohua Hu, Ronay Ak, Yinglong Xia, Weijia Xu, Aki-Hiro Sato, Sudarsan Rachuri, Lyle Ungar, Philip S. Yu, Rama Govindaraju, Toyotaro Suzumura - Danvers, USA : IEEE, 2016 - p. 2911-2918

Paper

All CHAPTERS

1.

4-wheel driving with ONQUADRO / Marta Szachniuk (WIiT), Mariusz Popenda, Joanna Sarzyńska, Tomasz Żok (WIiT) // r3805_2023

Educational materials
2.

Modeling 3D structures of RNA nanoparticles / Marta Szachniuk (WIiT), Joanna Sarzyńska, Maciej Antczak (WIiT), Mariusz Popenda, Tomasz Żok (WIiT) // r3330_2022

Research report
3.

RNAspider: a webserver to analyze entanglements in RNA 3D structures / Kamil Luwański (WIiT), Vladyslav Hlushchenko (WIiT), Mariusz Popenda, Tomasz Żok (WIiT), Joanna Sarzyńska, Daniil Martsich (WIiT), Marta Szachniuk (WIiT), Maciej Antczak (WIiT) // r2894_2022

Research report
4.

Entanglements in RNA 3D structures / Marta Szachniuk (WIiT), Mariusz Popenda, Joanna Sarzyńska, Tomasz Żok (WIiT), Maciej Antczak (WIiT) // r2228_2021

Educational materials
5.

Entanglements of structure elements revealed in RNA 3D models / Mariusz Popenda, Tomasz Żok (WIiT), Joanna Sarzyńska, Agnieszka Korpeta, Ryszard W. Adamiak (WIiT), Maciej Antczak (WIiT), Marta Szachniuk (WIiT) // r1899_2021

Research report

All REPORTS

1.

Algorithmic Aspects of RNA Structure Similarity Analysis / Tomasz Żok (WI) / prom. Marta Szachniuk (WI), Mariusz Popenda, rev. Paweł Górecki, Małgorzata Kotulska - Poznań, Polska, 2018 - 188 s.

Dissertation

1.

A classification system to recognize RNA interaction types from 3D coordinates / WIiT / prom. Tomasz Żok, rev. Maciej Antczak, 2024

Master thesis
2.

Implementacja algorytmów bioinformatycznych w języku Rust / WIiT / prom. Tomasz Żok, rev. Maciej Antczak, 2024

Master thesis
3.

Analiza dokładności przewidywania par niekanonicznych RNA / WIiT / prom. Tomasz Żok, rev. Agnieszka Rybarczyk, 2023

Bachelor thesis
4.

Ewaluacja metod przewidywania struktury drugorzędowej RNA / WIiT / prom. Tomasz Żok, rev. Paweł Wojciechowski, 2023

Bachelor thesis
5.

Ocena jakości narzędzi do przewidywania kanonicznej struktury 2D RNA z sekwencji / WIiT / prom. Tomasz Żok, rev. Agnieszka Rybarczyk, 2023

Bachelor thesis

All THESES

1.

Badanie możliwości silnika gier Unreal Engine 5 dla wieloosobowych gier sieciowych. / WIiT / prom. Paweł Wojciechowski, rev. Tomasz Żok, 2023

Master thesis
2.

Analiza i udoskonalanie predykcji 3D RNA z użyciem biblioteki konformerów / WIiT / prom. Maciej Antczak, rev. Tomasz Żok, 2023

Bachelor thesis
3.

Analiza porównawcza technologii tworzenia aplikacji internetowych / WIiT / prom. Anna Grocholewska-Czuryło, rev. Tomasz Żok, 2023

Master thesis
4.

Analiza porównawcza technologii tworzenia aplikacji internetowych / WIiT / prom. Anna Grocholewska-Czuryło, rev. Tomasz Żok, 2023

Master thesis
5.

Analiza wpływu stosowania fundamentalnych strategii szachowych na wyniki rozgrywek. / WIiT / prom. Anna Grocholewska-Czuryło, rev. Tomasz Żok, 2023

Master thesis

All THESES

System created by Poznań University of Technology and Poznan Supercomputing and Networking Center

Scientific Information System of the Poznań University of Technology

Employee

dr hab. inż. Tomasz Żok

Articles (33)

Chapters (1)

Reports (20)

Dissertation

Supervisor of theses (9)

Reviews of theses (15)