Processing may take a few seconds...

Dissertation

Title

Algorithmic Aspects of RNA Structure Similarity Analysis

Authors

[ 1 ] Instytut Informatyki, Wydział Informatyki, Politechnika Poznańska | [ D ] phd student

Promoter

[ 1 ] Instytut Informatyki, Wydział Informatyki, Politechnika Poznańska | [ P ] employee

Supporting promoter

Reviewers

Title variant

PL Algorytmiczne aspekty analizy podobieństwa struktur RNA

Language

english

Keywords
EN
  • RNA
  • comparison
  • structure
  • torsion angles
  • similarity
PL
  • RNA
  • porównywanie
  • struktura
  • kąty torsyjne
  • podobieństwo
Abstract

EN In bioinformatics, molecular biology problems are solved with methods from computer science. Special focus is on understanding how molecular structures influence function in vivo. This is important for RNAs, which play vital roles and take structural forms of high complexity. In my research I developed models and methods to assess RNA structure similarity. It is an important component of structure processing methods such as prediction. It is also challenging in terms of complexity and volume of data. The first part of my thesis presents a new model named RNA mixed graph and an algorithm using it to find similar structure fragments. It efficiently finds similar fragments according to a set of criteria. The second part of my thesis is about a method to compare RNA 3D structures transformed to trigonometric representation. The comparison process was evaluated on a number of RNA 3D models. It allows to create clustering and ranking, and to locate fragments of highest and lowest similarity.

PL Bioinformatyka to dziedzina, w której problemy biologii molekularnej rozwiązywane są metodami informatycznymi. W szczególności rozwijane są metody pozwalające zrozumieć wpływ struktur na funkcje cząsteczek in vivo. Jest to ważne dla RNA, które pełni istotne funkcje, a jednocześnie zwija się w złożone struktury. W ramach badań opracowano modele i metody oceny podobieństwa struktur RNA. To istotny element w przetwarzaniu struktur RNA np. podczas przewidywania. Jednocześnie to zadanie trudne ze względu na złożoność i ilość danych. W pierwszej części rozprawy pokazano nowy model mieszanego grafu RNA oraz algorytm do znajdowania fragmentów struktury wg zadanych kryteriów. W drugiej części rozprawy przedstawiono metodę porównywania struktur 3D RNA przekształconych do reprezentacji trygonometrycznej. Algorytm został zweryfikowany na kilkudziesięciu modelach 3D RNA. Pozwala na porównanie, klastrowanie i tworzenie rankingu modeli, oraz na wskazanie fragmentów najmniej i najbardziej podobnych.

Number of pages

188

OECD domain

engineering and technical sciences

KBN discipline

computer science

Signature of printed version

DrOIN 1905

On-line catalog

to201899832

Full text of dissertation

Download file

Access level to full text

public

First review

Paweł Górecki

Place

Warszawa, Polska

Date

21.02.2018

Language

polish

Review text

Download file

Access level to review text

public

Second review

Małgorzata Kotulska

Place

Wrocław, Polska

Date

08.03.2018

Language

polish

Review text

Download file

Access level to review text

public

Dissertation status

dissertation

Place of defense

Poznań, Polska

Date of defense

12.04.2018

Unit granting title

Rada Wydziału Informatyki Politechniki Poznańskiej

Obtained title

doktor nauk technicznych w dyscyplinie: informatyka, w specjalności: bioinformatyka

This website uses cookies to remember the authenticated session of the user. For more information, read about Cookies and Privacy Policy.