Algorithmic Aspects of RNA Structure Similarity Analysis
[ 1 ] Instytut Informatyki, Wydział Informatyki, Politechnika Poznańska | [ D ] doktorant
[ 1 ] Instytut Informatyki, Wydział Informatyki, Politechnika Poznańska | [ P ] pracownik
PL Algorytmiczne aspekty analizy podobieństwa struktur RNA
angielski
- RNA
- comparison
- structure
- torsion angles
- similarity
- RNA
- porównywanie
- struktura
- kąty torsyjne
- podobieństwo
EN In bioinformatics, molecular biology problems are solved with methods from computer science. Special focus is on understanding how molecular structures influence function in vivo. This is important for RNAs, which play vital roles and take structural forms of high complexity. In my research I developed models and methods to assess RNA structure similarity. It is an important component of structure processing methods such as prediction. It is also challenging in terms of complexity and volume of data. The first part of my thesis presents a new model named RNA mixed graph and an algorithm using it to find similar structure fragments. It efficiently finds similar fragments according to a set of criteria. The second part of my thesis is about a method to compare RNA 3D structures transformed to trigonometric representation. The comparison process was evaluated on a number of RNA 3D models. It allows to create clustering and ranking, and to locate fragments of highest and lowest similarity.
PL Bioinformatyka to dziedzina, w której problemy biologii molekularnej rozwiązywane są metodami informatycznymi. W szczególności rozwijane są metody pozwalające zrozumieć wpływ struktur na funkcje cząsteczek in vivo. Jest to ważne dla RNA, które pełni istotne funkcje, a jednocześnie zwija się w złożone struktury. W ramach badań opracowano modele i metody oceny podobieństwa struktur RNA. To istotny element w przetwarzaniu struktur RNA np. podczas przewidywania. Jednocześnie to zadanie trudne ze względu na złożoność i ilość danych. W pierwszej części rozprawy pokazano nowy model mieszanego grafu RNA oraz algorytm do znajdowania fragmentów struktury wg zadanych kryteriów. W drugiej części rozprawy przedstawiono metodę porównywania struktur 3D RNA przekształconych do reprezentacji trygonometrycznej. Algorytm został zweryfikowany na kilkudziesięciu modelach 3D RNA. Pozwala na porównanie, klastrowanie i tworzenie rankingu modeli, oraz na wskazanie fragmentów najmniej i najbardziej podobnych.
188
nauki inżynieryjne i techniczne
informatyka
DrOIN 1905
publiczny
Paweł Górecki
Warszawa, Polska
21.02.2018
polski
publiczny
Małgorzata Kotulska
Wrocław, Polska
08.03.2018
polski
publiczny
rozprawa doktorska
Poznań, Polska
12.04.2018
Rada Wydziału Informatyki Politechniki Poznańskiej
doktor nauk technicznych w dyscyplinie: informatyka, w specjalności: bioinformatyka