Przetwarzanie może potrwać kilka sekund...

Rozprawa doktorska

Tytuł

Algorithmic Aspects of RNA Structure Similarity Analysis

Autorzy

Promotor

[ 1 ] Instytut Informatyki, Wydział Informatyki, Politechnika Poznańska | [ P ] pracownik

Promotor pomocniczy

Recenzenci

Wariant tytułu

PL Algorytmiczne aspekty analizy podobieństwa struktur RNA

Język

angielski

Słowa kluczowe
EN
  • RNA
  • comparison
  • structure
  • torsion angles
  • similarity
PL
  • RNA
  • porównywanie
  • struktura
  • kąty torsyjne
  • podobieństwo
Streszczenie

EN In bioinformatics, molecular biology problems are solved with methods from computer science. Special focus is on understanding how molecular structures influence function in vivo. This is important for RNAs, which play vital roles and take structural forms of high complexity. In my research I developed models and methods to assess RNA structure similarity. It is an important component of structure processing methods such as prediction. It is also challenging in terms of complexity and volume of data. The first part of my thesis presents a new model named RNA mixed graph and an algorithm using it to find similar structure fragments. It efficiently finds similar fragments according to a set of criteria. The second part of my thesis is about a method to compare RNA 3D structures transformed to trigonometric representation. The comparison process was evaluated on a number of RNA 3D models. It allows to create clustering and ranking, and to locate fragments of highest and lowest similarity.

PL Bioinformatyka to dziedzina, w której problemy biologii molekularnej rozwiązywane są metodami informatycznymi. W szczególności rozwijane są metody pozwalające zrozumieć wpływ struktur na funkcje cząsteczek in vivo. Jest to ważne dla RNA, które pełni istotne funkcje, a jednocześnie zwija się w złożone struktury. W ramach badań opracowano modele i metody oceny podobieństwa struktur RNA. To istotny element w przetwarzaniu struktur RNA np. podczas przewidywania. Jednocześnie to zadanie trudne ze względu na złożoność i ilość danych. W pierwszej części rozprawy pokazano nowy model mieszanego grafu RNA oraz algorytm do znajdowania fragmentów struktury wg zadanych kryteriów. W drugiej części rozprawy przedstawiono metodę porównywania struktur 3D RNA przekształconych do reprezentacji trygonometrycznej. Algorytm został zweryfikowany na kilkudziesięciu modelach 3D RNA. Pozwala na porównanie, klastrowanie i tworzenie rankingu modeli, oraz na wskazanie fragmentów najmniej i najbardziej podobnych.

Liczba stron

188

Dziedzina wg OECD

nauki inżynieryjne i techniczne

Dyscyplina wg KBN

informatyka

Sygnatura rozprawy w wersji drukowanej

DrOIN 1905

Katalog on-line

to201899832

Pełny tekst rozprawy doktorskiej

Pobierz plik

Poziom dostępu do pełnego tekstu

publiczny

Pierwsza recenzja

Paweł Górecki

Miejsce

Warszawa, Polska

Data

21.02.2018

Język

polski

Tekst recenzji

Pobierz plik

Poziom dostępu do recenzji

publiczny

Druga recenzja

Małgorzata Kotulska

Miejsce

Wrocław, Polska

Data

08.03.2018

Język

polski

Tekst recenzji

Pobierz plik

Poziom dostępu do recenzji

publiczny

Status rozprawy

rozprawa doktorska

Miejsce obrony

Poznań, Polska

Data obrony

12.04.2018

Jednostka nadająca tytuł

Rada Wydziału Informatyki Politechniki Poznańskiej

Uzyskany tytuł

doktor nauk technicznych w dyscyplinie: informatyka, w specjalności: bioinformatyka