W zależności od ilości danych do przetworzenia generowanie pliku może się wydłużyć.

Jeśli generowanie trwa zbyt długo można ograniczyć dane np. zmniejszając zakres lat.

Artykuł

Pobierz BibTeX

Tytuł

RNA tertiary structure determination: NOE pathways construction by tabu search

Autorzy

[ 1 ] Instytut Informatyki (II), Wydział Informatyki i Zarządzania, Politechnika Poznańska | [ P ] pracownik

Rok publikacji

2005

Opublikowano w

Bioinformatics

Rocznik: 2005 | Tom: vol. 21 | Numer: iss. 10

Typ artykułu

artykuł naukowy

Język publikacji

angielski

Streszczenie

EN Motivation: Liquid state nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy has now been well established as a method for RNA tertiary structure determination. Most of the steps involved in the determination of RNA molecules are performed using computer programs. They however, do not apply to resonance assignment being the starting point of the whole procedure. We propose a tabu search algorithm as a tool for automating this step. Nuclear overhause effect (NOE) pathway, which determines the assignment, is constructed during an analysis of possible connections between resonances within aromatic/anomeric region of two-dimensional NOESY spectrum resulting from appropriate NMR experiment. Results: Computational tests demonstrate the superior performance of the tabu search algorithm as compared with the exact enumerative approach and genetic procedure applied to the experimental and simulated spectral data for RNA molecules. Availability: The software package can be obtained upon request from Marta Szachniuk.

Data udostępnienia online

24.02.2005

Strony (od-do)

2356 - 2361

DOI

10.1093/bioinformatics/bti351

URL

https://academic.oup.com/bioinformatics/article/21/10/2356/207469

Impact Factor

6,019

Ta strona używa plików Cookies, w celu zapamiętania uwierzytelnionej sesji użytkownika. Aby dowiedzieć się więcej przeczytaj o plikach Cookies i Polityce Prywatności.