SIS PUT | prof. dr hab. inż. Marta Szachniuk

1.

RNAhugs web server for customized 3D RNA structure alignment / Michał Żurkowski (WIiT), Mateusz Świercz (WIiT), Filip Woźny (WIiT), Maciej Antczak (WIiT), Marta Szachniuk (WIiT) // Nucleic Acids Research - 2024, vol. 52, iss. W1, p. W348-W353

Scientific article 200 16,6
2.

Knotted artifacts in predicted 3D RNA structures / Bartosz Ambroży Greń, Maciej Antczak (WIiT), Tomasz Żok (WIiT), Joanna Ida Sułkowska, Marta Szachniuk (WIiT) // PLoS Computational Biology - 2024, vol. 20, iss. 6, p. e1011959-1-e1011959-16

Scientific article 140 3,8
3.

WebTetrado: a webserver to explore quadruplexes in nucleic acid 3D structures / Bartosz Adamczyk (WIiT), Michał Żurkowski (WIiT), Marta Szachniuk (WIiT), Tomasz Żok (WIiT) // Nucleic Acids Research - 2023, vol. 51, iss. W1, p. W607-W612

Scientific article 200 16,6
4.

High-quality, customizable heuristics for RNA 3D structure alignment / Michał Żurkowski (WIiT), Maciej Antczak (WIiT), Marta Szachniuk (WIiT) // Bioinformatics - 2023, vol. 39, iss. 5, p. btad315-1-btad315-9

Scientific article 200 4,4
5.

Machine learning for RNA 2D structure prediction benchmarked on experimental data / Marek Justyna (WIiT), Maciej Antczak (WIiT), Marta Szachniuk (WIiT) // Briefings in Bioinformatics - 2023, vol. 24, no. 3, p. bbad153-1-bbad153-9

Scientific article 140 6,8

1.

Automated RNA 3D Structure Prediction with RNAComposer / Marcin Biesiada (WI), Katarzyna J. Purzycka, Marta Szachniuk (WI), Jacek Błażewicz (WI), Ryszard Adamiak (WI) // W: RNA Structure Determination : Methods and Protocols / red. Douglas H. Turner, David H. Mathews - New York, United States : Springer, 2016 - p. 199-215

Chapter in monograph
2.

Turning data into folds using RNAComposer / Marta Szachniuk (WI), Joanna Sarzyńska, Jacek Błażewicz (WI) // W: 2013 International Symposium on Computational Models for Life Sciences, Sydney, Australia, 27-29 November, 2013 / red. Changming Sun: American Institute of Physics, 2013 - p. 353-354

Paper
3.

Evolutionary approach to NOE paths assignment in RNA structure elucidation / Jacek Błażewicz, Marta Szachniuk, Adam Wójtowicz // W: Proceedings of the 2004 IEEE Symposium on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology: IEEE, 2004 - p. 206-213

Paper

1.

4-wheel driving with ONQUADRO / Marta Szachniuk (WIiT), Mariusz Popenda, Joanna Sarzyńska, Tomasz Żok (WIiT) // r3805_2023

Educational materials
2.

Modeling 3D structures of RNA nanoparticles / Marta Szachniuk (WIiT), Joanna Sarzyńska, Maciej Antczak (WIiT), Mariusz Popenda, Tomasz Żok (WIiT) // r3330_2022

Research report
3.

RNAspider: a webserver to analyze entanglements in RNA 3D structures / Kamil Luwański (WIiT), Vladyslav Hlushchenko (WIiT), Mariusz Popenda, Tomasz Żok (WIiT), Joanna Sarzyńska, Daniil Martsich (WIiT), Marta Szachniuk (WIiT), Maciej Antczak (WIiT) // r2894_2022

Research report
4.

Entanglements in RNA 3D structures / Marta Szachniuk (WIiT), Mariusz Popenda, Joanna Sarzyńska, Tomasz Żok (WIiT), Maciej Antczak (WIiT) // r2228_2021

Educational materials
5.

Entanglements of structure elements revealed in RNA 3D models / Mariusz Popenda, Tomasz Żok (WIiT), Joanna Sarzyńska, Agnieszka Korpeta, Ryszard W. Adamiak (WIiT), Maciej Antczak (WIiT), Marta Szachniuk (WIiT) // r1899_2021

Research report

1.

Combinatorial Analysis of 2D-NOESY Spectra in Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy of RNA Molecules / Marta Szachniuk / prom. Jacek Błażewicz, rev. Maciej Drozdowski, Adam Janiak, Wojciech Markiewicz - Poznań, Polska, 2005 - 115 s.

Dissertation

1.

Bioinformatics methods of motif analysis in RNA structures / Joanna Miśkiewicz (WIiT) / prom. Marta Szachniuk (WIiT), rev. Anna Kurzyńska-Kokorniak, Szymon Wąsik - Poznań, Polska, 2022 - 182 s.

Dissertation
2.

Algorithmic Aspects of RNA Structure Similarity Analysis / Tomasz Żok (WI) / prom. Marta Szachniuk (WI), Mariusz Popenda, rev. Małgorzata Kotulska, Paweł Górecki - Poznań, Polska, 2018 - 188 s.

Dissertation

1.

ONQUADRO: zaawansowana wyszukiwarka danych / WIiT / prom. Marta Szachniuk, rev. Marcin Borowski, 2023

Engineering thesis
2.

Mechanizmy zarządzania wyzwaniami na platformie RNA-Puzzles / WIiT / prom. Marta Szachniuk, rev. Tomasz Żok, 2022

Engineering thesis
3.

MolDock - wstęp do gry w dokowanie / WIiT / prom. Marta Szachniuk, rev. Paweł Wojciechowski, 2021

Master thesis
4.

Analiza i korekta właściwości stereochemicznych struktur RNA / WIiT / prom. Marta Szachniuk, rev. Maciej Antczak, 2021

Bachelor thesis
5.

Rozwój prototypu platformy internetowej RNA-Puzzles / WIiT / prom. Marta Szachniuk, rev. Maciej Miłostan, 2021

Engineering thesis

1.

Implementacja pierwszoosobowej gry akcji w silniku Unity / WIiT / prom. Rafał Klaus, rev. Marta Szachniuk, 2024

Engineering thesis
2.

Algorytmy wspomagające analizę widm masowych metabolitów oraz lipidów / WIiT / prom. Marcin Borowski, rev. Marta Szachniuk, 2023

Master thesis
3.

Algorytmy wspomagające analizę widm masowych metabolitów oraz lipidów / WIiT / prom. Marcin Borowski, rev. Marta Szachniuk, 2023

Master thesis
4.

Aplikacja Internetowa wspomagająca treningi / WIiT / prom. Rafał Klaus, rev. Marta Szachniuk, 2023

Engineering thesis
5.

Aplikacja wspomagająca organizację dużych eventów / WIiT / prom. Rafał Klaus, rev. Marta Szachniuk, 2023

Engineering thesis

Employee