W zależności od ilości danych do przetworzenia generowanie pliku może się wydłużyć.

Jeśli generowanie trwa zbyt długo można ograniczyć dane np. zmniejszając zakres lat.

Artykuł

Pobierz BibTeX

Tytuł

RNAhugs web server for customized 3D RNA structure alignment

Autorzy

[ 1 ] Instytut Informatyki, Wydział Informatyki i Telekomunikacji, Politechnika Poznańska | [ 2 ] Wydział Informatyki i Telekomunikacji, Politechnika Poznańska | [ P ] pracownik | [ S ] student

Dyscyplina naukowa (Ustawa 2.0)

[2.3] Informatyka techniczna i telekomunikacja

Rok publikacji

2024

Opublikowano w

Nucleic Acids Research

Rocznik: 2024 | Tom: vol. 52 | Numer: iss. W1

Typ artykułu

artykuł naukowy

Język publikacji

angielski

Słowa kluczowe
EN
  • RNA 3D structure
  • structure alignment
Streszczenie

EN Alignment of 3D molecular structures involves overlaying their sets of atoms in space in such a way as to minimize the distance between the corresponding atoms. The purpose of this procedure is usually to analyze and assess structural similarity on a global (e.g. evaluating predicted 3D models and clustering structures) or a local level (e.g. searching for common substructures). Although the idea of alignment is simple, combinatorial algorithms that implement it require considerable computational resources, even when processing relatively small structures. In this paper, we introduce RNAhugs, a web server for custom and flexible alignment of 3D RNA structures. Using two efficient heuristics, GEOS and GENS, it finds the longest corresponding fragments within 3D structures that may differ in sizes—given in the PDB or PDBx/mmCIF formats—that manage to align with user-specified accuracy (i.e. with an RMSD not exceeding a cutoff value given as an input parameter). A distinctive advantage of the system lies in its ability to process multi-model files and compare the results of 1–25 alignments in a single task. RNAhugs has an intuitive interface and is publicly available at https://rnahugs.cs.put.poznan.pl/.

Data udostępnienia online

08.04.2024

Strony (od-do)

W348 - W353

DOI

10.1093/nar/gkae259

URL

https://academic.oup.com/nar/article/52/W1/W348/7642067

Typ licencji

CC BY-NC (uznanie autorstwa - użycie niekomercyjne)

Tryb otwartego dostępu

otwarte czasopismo

Wersja tekstu w otwartym dostępie

ostateczna wersja opublikowana

Czas udostępnienia publikacji w sposób otwarty

przed opublikowaniem

Punktacja Ministerstwa / czasopismo

200

Impact Factor

16,6 [Lista 2023]

Ta strona używa plików Cookies, w celu zapamiętania uwierzytelnionej sesji użytkownika. Aby dowiedzieć się więcej przeczytaj o plikach Cookies i Polityce Prywatności.