1.

Assignment of tasks to machines under data replication with a tie to Steiner systems / Paweł Wojciechowski (WIiT), Marta Kasprzak (WIiT) // International Journal of Applied Mathematics and Computer Science - 2024, vol. 34, no. 2, s. 263-275

Artykuł naukowy 100 1,6

2.

Labeled Graphs in Life Sciences - Two Important Applications / Piotr Formanowicz (WIiT), Marta Kasprzak (WIiT), Piotr Wawrzyniak (WIiT) // W: Graph-Based Modelling in Science, Technology and Art / red. Stanisław Zawiślak, Jacek Rysiński - Cham, Switzerland : Springer International Publishing, 2022 - s. 201-217

Rozdział w monografii naukowej 20

3.

A heuristic approach to the treedepth decomposition problem for large graphs / Sylwester Swat (WIiT), Marta Kasprzak (WIiT) // W: Graph-Theoretic Concepts in Computer Science : 47th International Workshop, WG 2021, Warsaw, Poland, June 23–25, 2021, Revised Selected Papers / red. Łukasz Kowalik, Michał Pilipczuk, Paweł Rzążewski - Cham, Switzerland : Springer International Publishing, 2021 - s. 169-181

Rozdział w monografii naukowej / referat 20 140

4.

Genome-scale de novo assembly using ALGA / Sylwester Swat (WIiT), Artur Laskowski (WIiT), Jan Badura (WIiT), Wojciech Frohmberg (WIiT), Paweł Wojciechowski, Aleksandra Świercz (WIiT), Marta Kasprzak (WIiT), Jacek Błażewicz (WIiT) // Bioinformatics - 2021, vol. 37, iss. 12, s. 1644-1651

Artykuł naukowy 200 6,931

5.

Classification of de Bruijn-based labeled digraphs / Marta Kasprzak (WI) // Discrete Applied Mathematics - 2018, vol. 234, Special Issue, s. 86-92

Artykuł naukowy 25 0,983

6.

Graph algorithms for DNA sequencing - origins, current models and the future / Jacek Błażewicz (WI), Marta Kasprzak (WI), Michał Kierzynka, Wojciech Frohmberg (WI), Aleksandra Świercz (WI), Paweł Wojciechowski, Piotr Żurkowski (WI) // European Journal of Operational Research - 2018, vol. 264, iss. 3, s. 799-812

Artykuł naukowy 40 3,806

7.

GRASShopPER - An algorithm for de novo assembly based on GPU alignments / Aleksandra Świercz (WI), Wojciech Frohmberg (WI), Michel Kierzynka (WI), Paweł Wojciechowski (WI), Piotr Żurkowski (WI), Jan Badura (WI), Artur Laskowski (WI), Marta Kasprzak, Jacek Błażewicz (WI) // PLoS ONE - 2018, vol. 13, iss. 8, s. e0202355-1-e0202355-23

Artykuł naukowy 40 2,776

8.

Tabu search for the RNA partial degradation problem / Agnieszka Rybarczyk (WI), Alain Hertz, Marta Kasprzak (WI), Jacek Błażewicz (WI) // International Journal of Applied Mathematics and Computer Science - 2017, vol. 27, no. 2, s. 401-415

Artykuł naukowy 25 1,694

9.

High-order statistical compressor for long-term storage of DNA sequencing data / Marek Chłopkowski (WI), Maciej Antczak (WI), Michał Ślusarczyk (WI), Aleksander Wdowiński (WI), Michał Zajączkowski (WI), Marta Kasprzak // RAIRO - Operations Research - 2016, vol. 50, no. 2, s. 351-361

Artykuł naukowy 15 0,55

10.

Structural alignment of protein descriptors – a combinatorial model / Maciej Antczak (WI), Marta Kasprzak (WI), Piotr Łukasiak (WI), Jacek Błażewicz (WI) // BMC Bioinformatics - 2016, vol. 17, s. 383-1-383-14

Artykuł naukowy 35 2,448

11.

An Integrated Approach (CLuster Analysis Integration Method) to Combine Expression Data and Protein-Protein Interaction Networks in Agrigenomics: Application on Arabidopsis thaliana / Daniele Santoni, Aleksandra Świercz, Agnieszka Żmieńko, Marta Kasprzak (WI), Marek Błażewicz, Paola Bertolazzi, Giovanni Felici // OMICS: A Journal of Integrative Biology - 2014, vol. 18, iss. 2, s. 155-165

Artykuł naukowy 30 2,362

12.

Preprocessing and storing high-throughput sequencing data / Aleksandra Świercz, Bartosz Bosak, Marek Chłopkowski, Arkadiusz Hoffa, Marta Kasprzak (WI), Krzysztof Kurowski, Tomasz Piontek, Jacek Błażewicz (WI) // Computational Methods in Science and Technology - 2014, vol. 20 (1), s. 9-20

Artykuł naukowy 11

13.

DNA sequence assembly involving an acyclic graph model / Jacek Błażewicz (WI), Wojciech Frohmberg (WI), Piotr Gawron (WI), Marta Kasprzak (WI), Michał Kierzynka (WI), Aleksandra Świercz (WI), Paweł Wojciechowski (WI) // Foundations of Computing and Decision Sciences - 2013, Vol. 38, no. 1, s. 25-34

Artykuł naukowy 15

14.

Ties between graph theory and biology / Jacek Błażewicz (WI), Marta Kasprzak (WI), Nikos Vlassis // W: Handbook of Graph Theory / red. Jonathan L. Gross, Jay Yellen, Ping Zhang: CRC Press, 2013 - s. 1559-1579

Rozdział w monografii naukowej

15.

Wybrane algorytmy i modele grafowe w bioinformatyce / Marta Kasprzak (WI) / Poznań, Poland : Wydawnictwo Politechniki Poznańskiej, 2013 - 204 s.

Monografia naukowa

16.

Finding hamiltonian circuits in quasi-adjoint graphs / Jacek Błażewicz, Marta Kasprzak, B. Leroy-Beaulieu, D. De Werra // Discrete Applied Mathematics - 2008, vol. 156, iss. 13, s. 2573-2580

Artykuł naukowy 0,783

17.

Graph reduction and its application to DNA sequence assembly / Jacek Błażewicz, Marta Kasprzak // Bulletin of the Polish Academy of Sciences. Technical Sciences - 2008, vol. 56, no. 1, s. 65-70

Artykuł naukowy

18.

A polynomial time equivalence between DNA sequencing and the exact perfect matching problem / Jacek Błażewicz, Piotr Formanowicz, Marta Kasprzak, Petra Schuurman, Gerhard J. Woeginger // Discrete Optimization - 2007, vol. 4, iss. 2, s. 154-162

Artykuł naukowy

19.

Simplified partial digest problem: enumerative and dynamic programming algorithms / Jacek Błażewicz, Edmund Burke, Marta Kasprzak, Alexandr Kovalev, Mikhail Y. Kovalyov // IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics - 2007, vol. 4, iss. 4, s. 668-680

Artykuł naukowy 1,803

20.

Computational complexity of isothermic DNA sequencing by hybridization / Jacek Błażewicz, Marta Kasprzak // Discrete Applied Mathematics - 2006, vol. 154, iss. 5, s. 718-729

Artykuł naukowy 0,577

21.

Dealing with repetitions in sequencing by hybridization / Jacek Błażewicz, V. Glover, Marta Kasprzak, Wojciech T. Markiewicz, Ceyda Oguz, D. Rebholz-Schumann, Aleksandra Świercz // Computational Biology and Chemistry - 2006, vol. 30, iss. 5, s. 313-320

Artykuł naukowy 2,135

22.

Selected combinatorial problems of computational biology / Jacek Błażewicz, Piotr Formanowicz, Marta Kasprzak // European Journal of Operational Research - 2005, vol. 161, no. 3, s. 585-597

Artykuł naukowy 0,824

23.

An Algorithm for an Automatic NOE Pathways Analysis of 2D NMR Spectra of RNA Duplexes / R. W. Adamiak, Jacek Błażewicz, Piotr Formanowicz, Z. Gdaniec, Marta Kasprzak, M. Popenda, Marta Szachniuk // Journal of Computational Biology - 2004, vol. 11, no. 1, s. 163-179

Artykuł naukowy 3,241

24.

An algorithm for isothermic DNA sequencing / Marta Kasprzak // Bulletin of the Polish Academy of Sciences. Technical Sciences - 2004, vol. 52, no. 1, s. 31-35

Artykuł naukowy

25.

Assembling SARS-CoV genome : new method based on graph theoretic approach / Jacek Błażewicz, Marek Figlerowicz, Piotr Formanowicz, Marta Kasprzak, Bartosz Nowierski, Rafał Styszyński, Łukasz Szajkowski, Paweł Widera, Mariusz Wiktorczyk // Acta Biochimica Polonica - 2004, vol. 51, no. 4, s. 983-993

Artykuł naukowy 1,032

26.

Combinatorial models and methods for reading genomic sequences / Marta Kasprzak / Wydawnictwo Politechniki Poznańskiej, Rozprawy / Politechnika Poznańska, 2004 - 109 s.

Monografia naukowa / rozprawa habilitacyjna

27.

DNA sequencing - tabu and scatter search combined / Jacek Błażewicz, Fred Glover, Marta Kasprzak // INFORMS Journal on Computing - 2004, vol. 16, no. 3, s. 232-240

Artykuł naukowy 1,522

28.

On the link between DNA sequencing and graph theory / Marta Kasprzak // Computational Methods in Science and Technology - 2004, vol. 10, no. 1, s. 39-46

Artykuł naukowy

29.

Sequencing by hybridization with isothermic oligonucleotide libraries / Jacek Błażewicz, Piotr Formanowicz, Marta Kasprzak, Wojciech T. Markiewicz // Discrete Applied Mathematics - 2004, vol. 145, iss. 1, s. 40-51

Artykuł naukowy 0,557

30.

Complexity of DNA sequencing by hybridization / Jacek Błażewicz, Marta Kasprzak // Theoretical Computer Science - 2003, vol. 290, iss. 3, s. 1459-1473

Artykuł naukowy

31.

A heuristic managing errors for DNA sequencing / Jacek Błażewicz, Piotr Formanowicz, Frederic Guinand, Marta Kasprzak // Bioinformatics - 2002, vol. 18, iss. 5, s. 652-660

Artykuł naukowy

32.

Clustal W algorithm for multiple sequence alignment revisited / Jacek Błażewicz, Piotr Formanowicz, Marta Kasprzak, Krzysztof Michalak, Piotr Wierzejewski // Foundations of Computing and Decision Sciences - 2001, vol. 26, no. 3, s. 189-196

Artykuł naukowy