1.

RNAhugs web server for customized 3D RNA structure alignment / Michał Żurkowski (WIiT), Mateusz Świercz (WIiT), Filip Woźny (WIiT), Maciej Antczak (WIiT), Marta Szachniuk (WIiT) // Nucleic Acids Research - 2024, vol. 52, iss. W1, s. W348-W353

Artykuł naukowy 200 16,6

2.

Knotted artifacts in predicted 3D RNA structures / Bartosz Ambroży Greń, Maciej Antczak (WIiT), Tomasz Żok (WIiT), Joanna Ida Sułkowska, Marta Szachniuk (WIiT) // PLoS Computational Biology - 2024, vol. 20, iss. 6, s. e1011959-1-e1011959-16

Artykuł naukowy 140 3,8

3.

RNAtango: analysing and comparing RNA 3D structures via torsional angles / Marta Mackowiak (WIiT), Bartosz Adamczyk (WIiT), Marta Szachniuk (WIiT), Tomasz Żok (WIiT) // PLoS Computational Biology - 2024, in press, s. e1012500-1-e1012500-15

Artykuł naukowy 140 3,8

4.

Toward Increasing the Credibility of RNA Design / Maciej Antczak (WIiT), Marta Szachniuk (WIiT) // Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) - 2024, vol. 2847, s. 137-151

Artykuł naukowy 70

5.

WebTetrado: a webserver to explore quadruplexes in nucleic acid 3D structures / Bartosz Adamczyk (WIiT), Michał Żurkowski (WIiT), Marta Szachniuk (WIiT), Tomasz Żok (WIiT) // Nucleic Acids Research - 2023, vol. 51, iss. W1, s. W607-W612

Artykuł naukowy 200 16,6

6.

High-quality, customizable heuristics for RNA 3D structure alignment / Michał Żurkowski (WIiT), Maciej Antczak (WIiT), Marta Szachniuk (WIiT) // Bioinformatics - 2023, vol. 39, iss. 5, s. btad315-1-btad315-9

Artykuł naukowy 200 4,4

7.

Machine learning for RNA 2D structure prediction benchmarked on experimental data / Marek Justyna (WIiT), Maciej Antczak (WIiT), Marta Szachniuk (WIiT) // Briefings in Bioinformatics - 2023, vol. 24, no. 3, s. bbad153-1-bbad153-9

Artykuł naukowy 140 6,8

8.

New prediction categories in CASP15 / Andriy Kryshtafovych, Maciej Antczak (WIiT), Marta Szachniuk (WIiT), Tomasz Żok (WIiT), Rachael C. Kretsch, Ramya Rangan, Phillip Pham, Rhiju Das, Xavier Robin, Gabriel Studer, Janani Durairaj, Jerome Eberhardt, Aaron Sweeney, Maya Topf, Torsten Schwede, Krzysztof Fidelis, John Moult // Proteins: Structure, Function and Bioinformatics - 2023, vol. 91, iss. 12, s. 1550-1557

Artykuł naukowy 100 3,2

9.

RNA tertiary structure prediction using RNAComposer in CASP15 / Joanna Sarzynska, Mariusz Popenda, Maciej Antczak, Marta Szachniuk (WIiT) // Proteins: Structure, Function and Bioinformatics - 2023, vol. 91, iss. 12, s. 1790-1799

Artykuł naukowy 100 3,2

10.

When will RNA get its AlphaFold moment? / Bohdan Schneider, Blake Alexander Sweeney, Alex Bateman, Jiri Cerny, Tomasz Żok (WIiT), Marta Szachniuk (WIiT) // Nucleic Acids Research - 2023, vol. 51, iss. 18, s. 9522-9532

Artykuł naukowy 200 16,6

11.

Computational Pipeline for Reference-Free Comparative Analysis of RNA 3D Structures Applied to SARS-CoV-2 UTR Models / Julita Gumna, Maciej Antczak (WIiT), Ryszard W. Adamiak (WIiT), Janusz M. Bujnicki, Shi-Jie Chen, Feng Ding, Pritha Ghosh, Jun Li, Sunandan Mukherjee, Chandran Nithin, Katarzyna Pachulska-Wieczorek, Almudena Ponce-Salvatierra, Mariusz Popenda, Joanna Sarzyńska, Tomasz Wirecki, Dong Zhang, Sicheng Zhang, Tomasz Żok (WIiT), Eric Westhof, Zhichao Miao, Marta Szachniuk (WIiT), Agnieszka Rybarczyk (WIiT) // International Journal of Molecular Sciences - 2022, vol. 23, iss. 17, s. 9630-1-9630-20

Artykuł naukowy 140 5,6

12.

RNAloops: a database of RNA multiloops / Jakub Wiedemann (WIiT), Jacek Kaczor (WIiT), Maciej Miłostan (WIiT), Tomasz Żok (WIiT), Jacek Błażewicz (WIiT), Marta Szachniuk (WIiT), Maciej Antczak (WIiT) // Bioinformatics - 2022, vol. 38, iss. 17, s. 4200-4205

Artykuł naukowy 200 5,8

13.

DrawTetrado to create layer diagrams of G4 structures / Michał Żurkowski (WIiT), Tomasz Żok (WIiT), Marta Szachniuk (WIiT) // Bioinformatics - 2022, vol. 38, iss. 15, s. 3835-3836

Artykuł naukowy 200 5,8

14.

RNAsolo: a repository of cleaned PDB-derived RNA 3D structures / Bartosz Adamczyk (WIiT), Maciej Antczak (WIiT), Marta Szachniuk (WIiT) // Bioinformatics - 2022, vol. 38, iss. 14, s. 3668-3670

Artykuł naukowy 200 5,8

15.

RNAspider: a webserver to analyze entanglements in RNA 3D structures / Kamil Luwański (WIiT), Vladyslav Hlushchenko (WIiT), Mariusz Popenda, Tomasz Żok (WIiT), Joanna Sarzyńska, Daniil Martsich (WIiT), Marta Szachniuk (WIiT), Maciej Antczak (WIiT) // Nucleic Acids Research - 2022, vol. 50, iss. W1, s. W663-W669

Artykuł naukowy 200 14,9

16.

A new molecular mechanism of RNA circularization and the microRNA sponge formation / Agnieszka Belter, Mariusz Popenda, Marcin Sajek, Tomasz Woźniak, Mirosława Z. Naskręt-Barciszewska, Marta Szachniuk (WIiT), Stefan Jurga, Jan Barciszewski // Journal of Biomolecular Structure and Dynamics - 2022, vol. 40, no. 7, s. 3038-3045

Artykuł naukowy 70 4,4

17.

Evaluation of the stereochemical quality of predicted RNA 3D models in the RNA-Puzzles submissions / Francisco Carrascoza (WIiT), Maciej Antczak (WIiT), Zhichao Miao, Eric Westhof, Marta Szachniuk (WIiT) // RNA - 2022, vol. 28, no. 2, s. 250-262

Artykuł naukowy 140 4,5

18.

ONQUADRO: a database of experimentally determined quadruplex structures / Tomasz Żok (WIiT), Natalia Kraszewska, Joanna Miśkiewicz (WIiT), Paulina Pielacińska, Michał Żurkowski (WIiT), Marta Szachniuk (WIiT) // Nucleic Acids Research - 2022, vol. 50, iss. D1, s. D253-D258

Artykuł naukowy 200 14,9

19.

Entanglements of structure elements revealed in RNA 3D models / Mariusz Popenda, Tomasz Żok (WIiT), Joanna Sarzyńska, Agnieszka Korpeta, Ryszard W. Adamiak, Maciej Antczak, Marta Szachniuk (WIiT) // Nucleic Acids Research - 2021, vol. 49, iss. 17, s. 9625-9632

Artykuł naukowy 200 19,16

20.

How bioinformatics resources work with G4 RNAs / Joanna Miśkiewicz (WIiT), Joanna Sarzyńska, Marta Szachniuk (WIiT) // Briefings in Bioinformatics - 2021, vol. 22, no. 3, s. bbaa201-1-bbaa201-14

Artykuł naukowy 140 13,994

21.

ElTetrado: a tool for identification and classification of tetrads and quadruplexes / Tomasz Żok (WIiT), Mariusz Popenda, Marta Szachniuk (WIiT) // BMC Bioinformatics - 2020, vol. 21, s. 40-1-40-7

Artykuł naukowy 100 3,169

22.

In vitro and in silico analysis of miR-125a with rs12976445 polymorphism in breast cancer patients / Tomasz P. Lehmann, Joanna Miśkiewicz (WIiT), Natalia Szostak, Marta Szachniuk (WIiT), Sylwia Grodecka-Gazdecka, Paweł Jagodziński // Applied Sciences - 2020, vol. 10, no. 20, s. 7275-1-7275-14

Artykuł naukowy 70 2,679

23.

RNA-Puzzles Round IV: 3D structure predictions of four ribozymes and two aptamers / Zhichao Miao, Ryszard Adamiak, Maciej Antczak (WIiT), Michał Boniecki, Janusz M. Bujnicki, Shi-Jie Chen, Clarence Y. Cheng, Yi Cheng, Fang-Chieh Chou, Rhiju Das, Nikolay V. Dokholyan, Feng Ding, Caleb Geniesse, Yangwei Jiang, Astha Joshi, Andrey Krokhotin, Marcin Magnus, Olivier Mailhot, Francois Major, Thomas H. Mann, Paweł Piątkowski, Radosław Pluta, Mariusz Popenda, Joanna Sarzyńska, Lizhen Sun, Marta Szachniuk (WIiT), Sigi Tian, Jian Wang, Andrew M. Watkins, Jakub Wiedemann (WIiT), Xiaojun Xu, Joseph D. Yesselman, Dong Zhang, Zhenzhen Zhang, Chenhan Zhao, Peinan Zhao, Yuanzhe Zhou, Tomasz Żok (WIiT), Adriana Żyła, Aiming Ren, Robert T. Batey, Barbara L. Golden, Lin Huang, David M. Lilley, Yijin Liu, Dinshaw J. Patel, Eric Westhof // RNA - 2020, vol. 26, no. 12, s. 982-995

Artykuł naukowy 140 4,942

24.

RNA-Puzzles toolkit: a computational resource of RNA 3D structure benchmark datasets, structure manipulation, and evaluation tools / Marcin Magnus, Maciej Antczak, Tomasz Żok (WIiT), Jakub Wiedemann (WIiT), Piotr Łukasiak (WIiT), Cao Yang, Janusz M. Bujnicki, Eric Westhof, Marta Szachniuk (WIiT), Zhichao Miao // Nucleic Acids Research - 2020, vol. 48, iss. 2, s. 576-588

Artykuł naukowy 200 16,971

25.

RNAthor - fast, accurate normalization, visualization and statistical analysis of RNA probing data resolved by capillary electrophoresis / Julita Gumna, Tomasz Żok (WIiT), Kacper Figurski, Katarzyna Pachulska-Wieczorek, Marta Szachniuk (WIiT) // PLoS ONE - 2020, vol. 15, iss. 10, s. e0239287-1-e0239287-12

Artykuł naukowy 100 3,24

26.

Topology-based classification of tetrads and quadruplex structures / Mariusz Popenda, Joanna Miśkiewicz (WIiT), Joanna Sarzyńska, Tomasz Żok (WIiT), Marta Szachniuk (WIiT) // Bioinformatics - 2020, vol. 36, iss. 4, s. 1129-1134

Artykuł naukowy 200 6,937

27.

Virxicon: a lexicon of viral sequences / Mateusz Kudla (WIiT), Kaja Gutowska (WIiT), Jarosław Synak (WIiT), Mirko Weber, Katrin Sophie Bohnsack, Piotr Łukasiak (WIiT), Thomas Villmann, Jacek Błażewicz, Marta Szachniuk (WIiT) // Bioinformatics - 2020, vol. 36, iss. 22-23, s. 5507-5513

Artykuł naukowy 200 6,937

28.

RNApolis: computational platform for RNA structure analysis / Marta Szachniuk (WI) // Foundations of Computing and Decision Sciences - 2019, vol. 44, no. 2, s. 241-257

Artykuł naukowy 20

29.

RNAvista: a webserver to assess RNA secondary structures with non-canonical base pairs / Maciej Antczak (WI), Marcin Zabłocki (WI), Tomasz Żok (WI), Agnieszka Rybarczyk (WI), Jacek Błażewicz (WI), Marta Szachniuk (WI) // Bioinformatics - 2019, vol. 35, iss. 1, s. 152-155

Artykuł naukowy 200 5,61

30.

Discovering structural motifs in miRNA precursors from Viridiplantae kingdom / Joanna Miśkiewicz (WI), Marta Szachniuk // Molecules - 2018, vol. 23, spec. iss. 6, s. 1367-1380

Artykuł naukowy 30 3,06

31.

New algorithms to represent complex pseudoknotted RNA structures in dot-bracket notation / Maciej Antczak (WI), Mariusz Popenda, Tomasz Żok (WI), Michał Żurkowski (WI), Ryszard W. Adamiak, Marta Szachniuk // Bioinformatics - 2018, vol. 34, iss. 8, s. 1304-1312

Artykuł naukowy 45 4,531

32.

RNAfitme: a webserver for modeling nucleobase and nucleoside residue conformation in fixed-backbone RNA structures / Maciej Antczak (WI), Tomasz Żok (WI), Maciej Osowiecki, Mariusz Popenda, Ryszard Adamiak (WI), Marta Szachniuk // BMC Bioinformatics - 2018, vol. 19, s. 1-11

Artykuł naukowy 35 2,511

33.

RNApdbee 2.0: multifunctional tool for RNA structure annotation / Tomasz Żok (WI), Maciej Antczak (WI), Michał Żurkowski (WI), Mariusz Popenda, Jacek Błażewicz (WI), Ryszard Adamiak, Marta Szachniuk // Nucleic Acids Research - 2018, vol. 46, iss. Web Server, s. W30-W35

Artykuł naukowy 40 11,147

34.

Bioinformatics Study of Structural Patterns in Plant MicroRNA Precursors / Joanna Miśkiewicz (WI), Katarzyna Tomczyk (WI), Agnieszka Mickiewicz, Joanna Sarzyńska, Marta Szachniuk (WI) // BioMed Research International - 2017, vol. 2017, s. 6783010-1-6783010-8

Artykuł naukowy 25 2,583

35.

LCS-TA to identify similar fragments in RNA 3D structures / Jakub Wiedemann (WI), Tomasz Żok (WI), Maciej Miłostan (WI), Marta Szachniuk (WI) // BMC Bioinformatics - 2017, vol. 18, s. 456-469

Artykuł naukowy 35 2,213

36.

RNA-Puzzles Round III: 3D RNA structure prediction of five riboswitches and one ribozyme / Z. Miao, Ryszard Adamiak (WI), Maciej Antczak (WI), Robert Batey, Alexander Becka, Marcin Biesiada, M. Boniecki, Janusz M. Bujnicki, S. J. Chen, C. Cheng, F. C. Chou, A. R. Ferre-D'Amare, R. Das, Wayne Dawson, F. Ding, N. V. Dokholyan, S. Dunin-Horkawicz, C. Geniesse, Kalli Kappel, W. Kladwang, A. Krokhotin, G. Lach, F. Major, T. H. Mann, M. Magnus, Katarzyna Pachulska-Wieczorek, Dinshaw Patel, Joseph Piccirilli, Mariusz Popenda, Katarzyna J. Purzycka, Aiming Ren, Gregorry Rice, John Santalucia, Joanna Sarzyńska, Marta Szachniuk (WI), A. Tandon, Jeremiah Trausch, S. Tian, J. Wang, Kevin Weeks, Benfeard Williams, Y. Xiao, X. Xu, Dong Zhang, Tomasz Żok (WI), E. Westhof // RNA - 2017, vol. 23, no. 5, s. 655-672

Artykuł naukowy 35 4,49

37.

New functionality of RNAComposer: an application to shape the axis of miR160 precursor structure / Maciej Antczak (WI), Mariusz Popenda, Tomasz Żok (WI), Joanna Sarzyńska, Tomasz Ratajczak (WI), Katarzyna Tomczyk (WI), Ryszard W. Adamiak, Marta Szachniuk (WI) // Acta Biochimica Polonica - 2016, vol. 63, no. 4, s. 737-744

Artykuł naukowy 15 1,159

38.

Recent Advances in Operations Research in Computational Biology, Bioinformatics and Medicine / Metin Turkay, Giovanni Felici, Marta Szachniuk, Piotr Łukasiak // RAIRO - Operations Research - 2016, vol. 50, no. 2, s. 327-330

Artykuł naukowy 15 0,55

39.

Assigning NMR spectra of irregular RNAs by heuristic algorithms / Marta Szachniuk (WI) // Bulletin of the Polish Academy of Sciences. Technical Sciences - 2015, vol. 63, no. 1, s. 329-338

Artykuł naukowy 25 1,087

40.

Automated 3D RNA structure prediction using the RNAComposer method for riboswitches / K. J. Purzycka, M. Popenda, Marta Szachniuk, Maciej Antczak (WI), Piotr Łukasiak, Jacek Błażewicz, R. W. Adamiak // Methods in Enzymology - 2015, vol. 553, s. 3-34

Artykuł naukowy 25

41.

Building the Library of RNA 3D Nucleotide Conformations Using the Clustering Approach / Tomasz Żok (WI), Maciej Antczak (WI), Martin Riedel, David Nebel, Thomas Villmann, Piotr Łukasiak (WI), Jacek Błażewicz (WI), Marta Szachniuk (WI) // International Journal of Applied Mathematics and Computer Science - 2015, vol. 25, no. 3, s. 689-700

Artykuł naukowy 25 1,037

42.

New in silico approach to assessing RNA secondary structures with non-canonical base pairs / Agnieszka Rybarczyk, Natalia Szóstak, Maciej Antczak (WI), Tomasz Żok (WI), Mariusz Popenda, Ryszard Adamiak, Jacek Błażewicz (WI), Marta Szachniuk // BMC Bioinformatics - 2015, vol. 16, s. 276-1-276-12

Artykuł naukowy 35 2,435

43.

Optimal pathway reconstruction on 3D NMR maps / Maria C. De Cola, Giovanni Felici, Dominique de Werra, Jacek Błażewicz (WI), Marta Szachniuk // Discrete Applied Mathematics - 2015, vol. 182, s. 134-149

Artykuł naukowy 25 0,722

44.

RNA-Puzzles Round II: assessment of RNA structure prediction programs applied to three large RNA structures / Z. Miao, R. W. Adamiak, M F. Blanchet, M. Boniecki, J. M. Bujnicki, S. J. Chen, C. Cheng, G. Chojnowski, F. C. Chou, P. Cordero, J. A. Cruz, A. R. Ferre-D'Amare, F. Ding, R. Das, N. V. Dokholyan, S. Dunin-Horkawicz, W. Kladwang, A. Krokhotin, G. Lach, M. Magnus, F. Major, T. H. Mann, B. Masquida, D. Matelska, M. Meyer, A. Peselis, M. Popenda, K. J. Purzycka, A. Serganov, J. Stasiewicz, Marta Szachniuk (WI), A. Tandon, S. Tian, J. Wang, Y. Xiao, X. Xu, J. Zhang, P. Zhao, Tomasz Żok (WI), E. Westhof // RNA - 2015, vol. 21, no. 6, s. 1066-1084

Artykuł naukowy 35

45.

RNAssess - a web server for quality assessment of RNA 3D structures / Piotr Łukasiak, Maciej Antczak (WI), Tomasz Ratajczak (WI), Marta Szachniuk, Mariusz Popenda, Ryszard Adamiak (WI), Jacek Błażewicz (WI) // Nucleic Acids Research - 2015, vol. 43, no. W1, s. W502-W-506

Artykuł naukowy 40 9,202

46.

MCQ4Structures to compute similarity of molecule structures / Tomasz Żok (WI), Mariusz Popenda, Marta Szachniuk (WI) // Central European Journal of Operations Research - 2014, vol. 22, iss. 3, s. 457-473

Artykuł naukowy 20 0,832

47.

RNApdbee - a webserver to derive secondary structures from pdb files of knotted and unknotted RNAs / Maciej Antczak (WI), Tomasz Żok (WI), Mariusz Popenda, Piotr Łukasiak (WI), Ryszard W. Adamiak (WI), Jacek Błażewicz (WI), Marta Szachniuk // Nucleic Acids Research - 2014, vol. 42, iss. W1, s. W368-W372

Artykuł naukowy 40 9,112

48.

Sorting signal targeting mRNA into hepatic extracellular vesicles / Natalia Szóstak, Felix Royo, Agnieszka Rybarczyk (WI), Marta Szachniuk, Jacek Błażewicz, Antonio del Sol, Juan M. Falcon-Perez // RNA Biology - 2014, vol. 11, iss. 7, s. 836-844

Artykuł naukowy 35 4,974

49.

The Orderly Colored Longest Path Problem - a survey of applications and new algorithms / Marta Szachniuk, Cola Maria Cristina De, Giovanni Felici, Jacek Błażewicz (WI) // RAIRO - Operations Research - 2014, vol. 48, iss. 1, s. 25-51

Artykuł naukowy 15 0,405

50.

MLP accompanied beam search for the resonance assignment problem / Marta Szachniuk, Mikołaj Małaczyński, Erwin Pesch, Edmund K. Burke, Jacek Błażewicz (WI) // Journal of Heuristics - 2013, vol. 19, iss. 3, s. 443-464

Artykuł naukowy 35 1,359

51.

RNAlyzer-novel approach for quality analysis of RNA structural models / Piotr Łukasiak, Maciej Antczak (WI), Tomasz Ratajczak (WI), Janusz M. Bujnicki, Marta Szachniuk, Ryszard W. Adamiak, Mariusz Popenda, Jacek Błażewicz // Nucleic Acids Research - 2013, vol. 41, iss. 12, s. 5978-5990

Artykuł naukowy 40 8,808

52.

Cerberus: a new information retrieval tool for marine metagenomics / Marcin Radom, Renzo Kottmann, Agnieszka Rybarczyk, Piotr Formanowicz, Marta Szachniuk, Frank O. Glockner, Jacek Błażewicz // Foundations of Computing and Decision Sciences - 2010, vol. 35, no. 2, s. 107-126

Artykuł naukowy

53.

RNA FRABASE version 1.0: an engine with a database to search for the three-dimensional fragments within RNA structures / M. Popenda, M. Błażewicz, Marta Szachniuk, R. W. Adamiak // Nucleic Acids Research - 2008, iss. suppl. 1, s. D386-D391

Artykuł naukowy 6,878

54.

RNA tertiary structure determination: NOE pathways construction by tabu search / Jacek Błażewicz, Marta Szachniuk, Adam Wójtowicz // Bioinformatics - 2005, vol. 21, iss. 10, s. 2356-2361

Artykuł naukowy 6,019

55.

An Algorithm for an Automatic NOE Pathways Analysis of 2D NMR Spectra of RNA Duplexes / R. W. Adamiak, Jacek Błażewicz, Piotr Formanowicz, Z. Gdaniec, Marta Kasprzak, M. Popenda, Marta Szachniuk // Journal of Computational Biology - 2004, vol. 11, no. 1, s. 163-179

Artykuł naukowy 3,241

56.

Evolutionary algorithm for a reconstruction of NOE paths in NMR spectra of RNA chains / Jacek Błażewicz, Marta Szachniuk, Adam Wójtowicz // Bulletin of the Polish Academy of Sciences. Technical Sciences - 2004, vol. 52, no. 3, s. 221-230

Artykuł naukowy